Przed wydarzeniami w Stalkerze

Rok 2006. Dwadzieścia lat po katastrofie w Czarnobylu ma tam miejsce kolejny wybuch – istnieją pogłoski, że przeprowadzano tam tajemnicze eksperymenty. Promieniowanie radioaktywne sieje spustoszenie: ludzie i zwierzęta ulegają mutacjom, występują liczne anomalie i przerażające zjawiska. Wojsko zabezpiecza obszar w promieniu 30 kilometrów tworząc zamkniętą i doskonale strzeżoną Strefę. Dwa lata później z niewiadomych przyczyn następuje kolejny wybuch. Po kilku latach do Strefy docierają stalkerzy – śmiałkowie poszukujący artefaktów, dziwnych przedmiotów i skarbów, które chętnie kupują przeróżne organizacje.

Intro

Gra zaczyna się od filmu wprowadzającego, na którym widać jadącą w burzową noc ciężarówkę, której ładunkiem na przyczepie są ciała zabitych w Strefie. Burza nasila się z każdą chwilą. Nagle następuje ogromne wyładowanie, które uderza w ciężarówkę. Następnego dnia łowca nagród znajduje zniszczoną ciężarówkę na uboczu drogi. Tam, pośród nieżywych znajduje naszego bohatera, który wydaje się być martwy i zabiera go ze sobą do handlarza zwanego Sidorowiczem. Handlarz jest zainteresowany, już chce podać cenę za "żyjące zwłoki", gdy nagle główny bohater budzi się i zabiera PDA, trzymany przez handlarza. Na PDA jest zapisana jedna rzecz – Kill the Strelok. (ang. Zabić Strieloka). Handlarz jest zszokowany, gdyż bohater jest naznaczony przez tajemnicze znamię. Do tej pory nikt nie dostał takiego, jednocześnie pozostając przy życiu.

Rozgrywka

Główny bohater gry, którym kieruje Gracz, zwie się Naznaczony (ros. Меченый). Po wypadku cierpi na amnezję, ale pamięta swój życiowy cel – odnaleźć Strieloka i zabić go. Kim jest Strielok, czemu Naznaczony chce go zabić, czemu bohater został za życia naznaczony znamieniem martwych i jaką tajemnicę skrywa Zona – zostanie to ujawnione w trakcie gry.